W roku 1955 miał miejsce w Czechosłowacji biologiczny eksperyment, a mianowicie skrzyżowanie owczarka niemieckiego z wilkiem karpackim. Eksperyment wykazał, że może zostać wyhodowane potomstwo psa i wilczycy oraz wilka i suki. Przytłaczająca większość szczeniąt z tych parzeń posiadała genetyczne podstawy do kontynuacji hodowli. W roku 1965, po zakończeniu eksperymentu opracowano plan hodowli nowej rasy. Polegał on na kombinowaniu cech użytkowych wilka i psa. W roku 1982 Czechosłowacki Wilczak został uznany przez Komitet Generalny Stowarzyszenia Hodowców w Czechosłowacji za rasę narodową.
Krzyżowaniem psa i wilka zajmował się Karel Hartl już od roku 1955 w stacji hodowlanej straży granicznej Libejovice. Pierwsze próby były nieudane - szczeniaki wilczycy "Brity" i owczarka niemieckiego "Cezara z Brizoveho haje" urodziły się dopiero 26 maja 1958 roku. Celem wtedy nie było jednak utworzenie nowej rasy, a eksperyment biologiczny. Hartl chciał zbadać, jak wpływa takie krzyżowanie na płodność osobników pochodzących z takich skojarzeń i czy cechy eksterieru i charakteru wilka są dominujące nad cechami ON. Chodziło głównie o zbadanie dziedziczności cech charakteru. Cechy wilka (strachliwość, agresja czy skłonność do ucieczek) były typowe dla zwierząt F1 (pierwszej generacji). Z tego powodu postanowiono do dalszych prób używac tylko owczarków ze zrównoważonym charakterem.

Krzyżówki były bardzo podobne do wilka zewnętrznie: miały takie same wymiary, pojemność mózgu i wilczasty kolor. Odziedziczyły także ogromną zdolność do regeneracji sił: podczas gdy krzyżówki po przebiegnięciu 100 kilometrowego odcinka były po trzech, czterech godzinach w pełni wypoczęte, owczarki potrzebowały na to 10-12 godzin po przebiegnięciu odcinka o połowe krótszego. CzW miały też o wiele lepszy zmysł węchu i orientacji (szczególnie w nocy) oraz były odporniejsze na warunki atmosferyczne: mróz, upał i deszcz.

Młode psy drugiej generacji można już było szkolić, o ile szczeniaki zostały zabrane od matki wystarczająco wcześnie i wychowane bez kontaktu z innymi psami. Do treningu obronnego nadawały się wtedy jedynie nieliczne psy. Wszystkie osobniki bardzo przywiązywały się do ludzi, którzy się nimi zajmowali, ale trudno nawiązywały kontakt z obcymi.
Pomysł stworzenia nowej rasy na bazie krzyżówek pojawił się prawdopodobnie w roku 1958. Pan Rosik i Kubaska rozpoczęli trening w straży granicznej psa pochodzącego ze skojarzenia Brity i Cezara na psa obronnego, stróżujacego i tropiącego. Ponieważ pies sprawował się niezle postanowiono podzielić psy na różne linie hodowlane, by zapobiec depresji charakterystycznej dla chowu wsobnego. Do krzyżowania używano wyłącznie owczarków pochodzących z hodowli czechosłowackich z wyjątkiem Achmeda vom Haus Berlin. Wilczaki były głównie hodowane w wojskowych stacjach hodowlanych i, w niewielkich ilościach, przez prywatnych hodowców.

Wilczyca Brita była skojarzona nie tylko z Cezarem, ale też z owczarkiem niemieckim "Kurt z Vaclavky". W ten sposób powstały dwie pierwsze linie CzW. Trzecią linię założył wilk "Argo" i owczarkiem "Asta z SNB" w roku 1968 w stacji hodowlanej policji w Bychory. Wyniki krzyżówek zaczęto określać skrótem CSV="Cesky Vlcak". W latach siedemdziesiątych psy rodziły się głównie w nowej stacji hodowlanej w pobliżu Malacky, która należała do straży granicznej w Bratysławie. Tu rasę wzbogacił wilk "Sarik". W roku 1974 został on skojarzony z "Xela z Pohranicni straze" (F3) i "Urtą z Pohranicni straze" (CSV). Ostatnia krzyżówka miała miejsce ponownie w Libejovicach. Szczeniaki wilczycy "Leidy" i ON "Bojar von Schotterhof" urodziły się 26. 04.1983. Pies F1 "Kazan z Pohranicni straze" z tego miotu został bezpośrednio użyty w hodowli CzW. To pózne skrzyżowanie podzieliło hodowców - blokowali oni cześciowo potomków z linii Kazana, która jest z tego powodu bardzo rzadka. Od 1983 prowadzony jest chów zamknięty - w hodowli stosuje się wyłącznie wilczaki.

14 czerwca 1965 na Międzynarodowym Kongresie Kynologicznym w Pradze Karel Hartl wygłosił referat na temat "Wyniki krzyżowania wilków z psami". Na zakończenie przedstawił on cztery generacje tych psów. Ta pierwsza próba przedstawienia Wilczaków na arenie międzynarodowej spotkała się z wielkim zainteresowaniem i wywołała żywą dyskusje. W roku 1966 hodowcy podjęli próbę wpisania CzW do księgi wstępnej. Miało to na celu oddzielenie CzW od owczarków niemieckich i stworzenie podstaw dla nowej rasy. Specjalnej komisji przedstawiono 30 eksemplarzy, jednak oddaliła ona prośbę. Ta decyzja spowodowała znaczny spadek zainteresowania tą rasą. Jednak hodowcy w Czechach i na Słowacji pozostali wierni rasie i do końca 1980 narodziły się 1863 szczeniaki. W walce o uznanie stworzono 20 marca 1982 roku w Brnie Klub Hodowców CzW (z oddziałami w Pradze i w Bratysławie), który został uznany przez Komitet Stowarzyszenia Czechosłowackich Hodowców jeszcze 2 kwietnia 1982 roku. CzW został uznany za rasę narodową.
W roku utworzenia klubu do księgi rodowodowej zostały wpisane 56 psy ze Słowacji i 10 psów z Czech. Pierwsza wystawa i bonitacja miały miejsce w połowie listopada 1982 koło Bratysławy. Przedstawiono 9 psów i 8 suk. Ocena była bardzo ostra. Tylko jeden pies i jedna suka otrzymały ocenę doskonałą. Tytul najlepszego psa otrzymał "Rep z Pohranicni straze", pies w wilczym typie, z suchą glową, małymi, jantarowymi, skośnie osadzonymi oczami. Najlepszą suką została "Cmuka z Pohranicni straze". Na drugiej wystawie w maju 1983 roku pojawiła się spora ilość potomków Repa i cały miot Cmuki. Okazali się oni bardzo wartościową parą hodowlaną. Wiekszość psów wykazywała porządany wilczy eksterier. Od tego momentu wystawy i przeglądy hodowlane odbywały się już co roku na wiosnę i jesienią w tym samym miejscu. Na międzynarodowej wystawie psów w Nitrze w roku 1983 pojawił się jeden CzW, w rok pózniej było ich już 33.

Do roku 1983 narodziło się około 200 psów różnych generacji. Do 31.12.1991 do księgi rodowodowej zostało wpisanych 1126 psów. Wraz z średnio 300 szczeniakami na rok liczba wszystkich Czw do końca roku 1995 wynosiła około 4000 sztuk.

Międzynarodowe uznanie rasy odbyło się 13 czerwca 1989 w Helsinkach. Było to ukoronowanie wysiłków czeskich i słowackich hodowców. Po podziale Czechosłowacji 01.01.1993, na konferencji w Bratysławie 23 stycznia 1993 Klub podzielono. Na posiedzeniu CMKU 4 lipca 1993 ustanowiono, że nazwa i kraj pochodzenia rasy pozostanie bez zmian, podczas gdy patronat nad rasą przejmie Słowacja. Jednak jakakolwiek zmiana wzorca jest możliwa jedynie przy obupólnej zgodzie obydwu klubów.